医薬品安定供給支援補助金二次公募｜最大4.5億円・補助率1/2

医薬品卸の安定供給と体制高度化を支援する二次公募の概要

本事業は、流通コストの上昇や医薬品供給の不安定化、人口減少・人手不足、物流制約などの課題に対応するため、医薬品卸売販売業者が行う業務フローの効率化、地域における医薬品供給体制の維持・高度化、災害時における業務継続のための環境整備等を支援する厚生労働省の補助金制度です。

第二次公募では、一次公募で設定されていた「安定供給適正化・地域貢献事業」「災害時業務継続支援事業」に加え、複数年度の事業計画のうち令和8年度に実施する取組を支援する「医薬品供給体制高度化事業」が新設されています。

対象となる医薬品卸売販売業者の要件

本事業の申請対象は、次のすべての要件を満たす医薬品卸売販売業者です。複数の営業所を有する場合、企業全体の統括機能を有する本社が一括して申請を行う必要があります（自ら事業を行わない持株会社による申請は不可）。

基本応募要件（全事業共通）
- 医薬品卸売販売業の許可を有し、在庫保管機能を備えた営業拠点を1箇所以上有すること。
- 令和7年度及び令和5年度に実施された医薬品価格調査（販売サイド調査）に協力していること。
- 単品単価交渉を推進していること。
- 地域における防災・災害復旧対応等の地域の医療活動又は社会活動に貢献していること。
- 医薬品の保管・配送時における品質管理基準を遵守するとともに、トレーサビリティの確保に努めていること。
- 交付申請日以前2年間において、薬機法に基づく行政処分を受けていないこと（処分庁に業務改善計画を提出済みで改善の取組が完了している場合を除く）。
- 本事業を的確に遂行できる組織、人員、経営基盤、資金等の管理能力を有すること。
- 厚生労働省等から補助金交付停止又は指名停止を受けている期間中でないこと。
- 「安定供給適正化・地域貢献事業」及び「医薬品供給体制高度化事業」への申請においては、中小企業基本法第2条第1項第2号に規定する中小企業要件（資本金1億円以下または従業員100人以下の会社・個人）に該当していないこと（※一定の大企業出資比率や課税所得要件に該当する「みなし大企業」を含む）。
医薬品供給体制高度化事業の追加要件
- 地域における医薬品供給体制の高度化を目的とする複数年度計画を有すること。
- 令和8年度実施分を複数年度計画全体から明確に区分できること。
- 地域における医薬品供給体制の高度化に資する事業であること。
- 補助事業終了後も継続的な運用が見込まれること。
一次公募採択事業者の応募制限
- 一次公募で既に採択された事業と同じ事業区分への応募は不可（例：一次公募で①安定供給適正化・地域貢献事業に採択された事業者は、二次公募では②災害時業務継続支援事業または③医薬品供給体制高度化事業への応募が可能）。
- 一次公募で①および②に採択された事業者も、二次公募で③への応募は可能です。

補助対象となる経費と対象外経費

補助対象事業および経費の内容は事業区分ごとに以下の通り定められています。

① 安定供給適正化・地域貢献事業 / ③ 医薬品供給体制高度化事業
- システム構築・改修経費: 必要なサイバーセキュリティ対策経費を含む。
- 設備等整備費: AI、ロボット等を活用した設備を含む。
- 高度化事業の基盤整備経費: 医薬品供給体制高度化事業の令和8年度事業に必要な設計、構築、連携基盤整備等の経費。
② 災害時業務継続支援事業
- 対象備品の購入費: 災害用衛星電話、医薬品保冷用バッテリー内蔵バックの購入経費。
主な補助対象外経費
- 医薬品卸売販売業を行う上で通常具備すべきシステム又は備品に係る経費。
- 通常の運営に要する経費（人件費、消耗品費、燃料費、借料及び損料、光熱水費等）。
- 建物の新築・増改築等の施設整備に要する経費。
- 利用料、通信料等のランニングコスト。
- 第一次公募において採択・申請した経費と同一又は実質的に同一と認められる経費、単なる追加購入や増額補填を目的とする経費。
- 医薬品供給体制高度化事業における令和9年度以降の工程、将来年度分の前払金・予約金、年度内に完了しない役務に係る経費。

補助率1/2・事業区分ごとの補助上限額

補助率および事業費・補助上限額は以下の区分に基づき設定されています。

事業区分	事業費上限	補助率	補助上限額
安定供給適正化・地域貢献事業	3.2億円／事業者（※1）	1/2	1.6億円／事業者
災害時業務継続支援事業	（※2）	1/2	別に定める算定式（※2）
医薬品供給体制高度化事業（広域卸）	9億円（※3）	1/2	4.5億円
医薬品供給体制高度化事業（地域卸）	3億円（※3）	1/2	1.5億円

※1 安定供給適正化・地域貢献事業の連携時: 物流効率化を目的に複数事業者が連携して共同計画を策定・実施する場合、3.2億円に参加事業者数を乗じた額が上限となります（補助上限は1.6億円×事業者数）。
※2 災害時業務継続支援事業の算定式: 1事業者あたりの上限額は以下の合計となります。
- 災害用衛星電話：基準単価200千円（補助額100千円）×営業拠点数
- 医薬品保冷用バッテリー内蔵バック：基準単価500千円（補助額250千円）×購入数量（上限10個）
※3 医薬品供給体制高度化事業の連携時: 複数事業者が共同で事業計画を策定・実施する場合、広域卸は9億円（地域卸は3億円）に参加事業者数を乗じた額が上限となります（補助上限は広域卸4.5億円×事業者数、地域卸1.5億円×事業者数）。主たる申請者が全応募資格を満たす医薬品卸売販売業者であれば、連携事業者は中小企業でも可能です。

【卸区分の定義】

広域卸: 全国又は複数の地方ブロック（全国7ブロック：北海道、東北、関東・甲信越、東海、近畿・北陸、中国・四国、九州）において医薬品供給ネットワークを構築し、広域的な需給調整機能を担う事業者。
地域卸: 1つの地方ブロックにおいて医薬品供給を担い、当該地域における安定供給に重要な役割を担う事業者。

公募スケジュールと事業実施期間

公募要領および報道発表に記載されているスケジュールは以下の通りです。

公募開始: 令和8年9月29日（火）
提出期限: 令和8年10月23日（金）必着
補助事業実施期間: 採択日〜令和9年3月31日
実績報告書提出期限: 令和9年4月9日まで（令和9年3月31日まで事業を実施した場合）

（※厚生労働省「第42回医療用医薬品の流通改善に関する懇談会」資料によれば、一次公募は令和8年4月30日〜5月29日に募集が行われ、同年7月23日に採択事業者が公表されました。）

申請書類と郵送・メールによる提出方法

公募要領に基づき、指定の書類を郵送および電子メールの双方で提出します。

提出方法
- 郵送（原則）: 封筒の宛名面に「令和８年度医薬品卸業者に対する継続的な安定供給支援事業申請書類」と朱書きして送付（各書類1式×8部）。
- 電子メール: 郵送と併せて電子ファイルをメール送信。件名は「令和８年度医薬品卸業者に対する継続的な安定供給支援事業申請書類（実施事業者名）」とする。
提出先
- 郵送先: 〒100-8916 東京都千代田区霞が関1-2-2 厚生労働省医政局医薬産業振興企画課あて
- メール送信先: [email protected]
主な提出書類（各1式×8部）
- 事業計画書（申請事業に応じて様式第1号、第2号、第3号のいずれか）
- 誓約書（様式第4号）
- 応募要件自己確認書（様式第5号）
- 応募資格を証する書類（医薬品卸売販売業許可の写し、単品単価交渉実施率を記した書類、自治体等との防災・医療連携協定書の写しまたは訓練参加実績資料、保管・配送時品質管理基準マニュアル等の写し）
- 事業者の概要がわかる資料（会社パンフレット、定款又は寄付行為、直近決算期の財務諸表）
- 医薬品供給体制高度化事業の追加書類（複数年度事業計画書（様式第6号）、応募区分確認書（様式第7号））

申請に向けた事前確認と準備の手順

申請に向けて、公募要領に定められた要件・書類に基づき以下の確認と準備を進める必要があります。

(1) 自社が対象要件を満たすかの事前判定
- 在庫保管機能を備えた営業拠点（医薬品卸売販売業許可）の保有状況の確認。
- 令和5年度および令和7年度の医薬品価格調査（販売サイド調査）への協力実績の確認。
- 令和6年度の単品単価交渉実施率（契約額ベース）の集計。
- 自治体・自衛隊との災害協定締結状況、または令和5年度以降の防災訓練参加実績の有無の確認（災害時業務継続支援事業では必須）。
- 中小企業要件（資本金1億円以下かつ従業員100人以下）に該当しない大企業またはみなし大企業であるかの判定。
- 過去2年以内の薬機法に基づく行政処分の有無（改善完了の有無を含む）の確認。
(2) 揃える必要がある書類・データ
- 営業拠点の医薬品卸売販売業許可証の写し。
- 社内の保管・配送時品質管理マニュアル、トレーサビリティ対応マニュアル、または製薬企業との契約書写し。
- 直近（令和6年度または令和7年度）の決算財務諸表および定款、会社案内。
- システム構築や設備導入に係る見積書および仕様書（サイバーセキュリティ対策内容の整理を含む）。
- 業務効率化や地域コスト削減（廃棄医薬品削減量、急配・返品削減回数等）に関する現状値と目標値の算出根拠データ。
(3) 締切から逆算した書類作成
- 公募期間は令和8年9月29日から令和8年10月23日（必着）までとなります。
- 高度化事業に申請する場合は、複数年度計画（様式第6号）を策定した上で、令和8年度内に契約・履行・支払・成果確認が完了する範囲を切り分けて積算書・工程表を作成します。

申請・事業実施にあたっての留意点

公募要領に明記されている留意事項は以下の通りです。

支払方法と対象経費の確定
- 補助金の支払いは事業終了後の精算払いが原則です。実績報告書および証拠書類に基づき、必要に応じて現地調査を実施した上で支払額が確定します。
- 採択通知及び基準額通知後に本事業のために契約し、事業実施期間（〜令和9年3月31日）内に履行・支払いが完了した経費のみが対象です。
増額変更の不可
- 採択後、交付申請時や事業実施途中において、物価高騰等を理由とした基準額通知を超える増額は認められません。
サイバーセキュリティ対策の義務付け
- システムやデータベース等を構築・改修する場合は、必要なサイバーセキュリティ対策を講じることが要件となっています。
複数年度計画の取り扱い（高度化事業）
- 医薬品供給体制高度化事業において令和9年度以降の計画を記載する場合でも、本公募は令和9年度以降の補助金交付や予算措置を約束するものではありません。
公募要領・申請様式の配付場所
- 公募要領および各種応募様式（様式第1号〜第7号）は、厚生労働省の公式ウェブサイト（政策について > 分野別の政策一覧 > 健康・医療 > 医療 > 医薬品・医療機器産業の振興について）からダウンロード可能です。

医薬品流通改善の政策背景と共同物流の動向

医薬品および物流業界における関連動向は以下の通りです。

予算措置の背景（厚生労働省補正予算資料によれば）
- 本事業は、令和7年度補正予算（一般会計63億円）「医薬品卸業者に対する継続的な安定供給のための支援」を財源とし、令和8年度への予算繰越分として実施されています。厚生労働省の「医療用医薬品の流通改善に向けて流通関係者が遵守すべきガイドライン」等の政策体系と連動しています。
医療・卸売流通における共同配送の進展
- 医療機器・日用品・食品等の各分野において、ドライバー不足や物流効率化（改正物流効率化法対応等）を背景に、競合企業間での共同配送やデータ連携基盤の構築が進んでいます。本補助金においても、複数事業者による共同効率化計画や地域連携型の物流高度化（共同配送・共同在庫）に対する上限額の引き上げ措置が盛り込まれています。

よくある質問

Q. 一次公募で既に採択されている場合でも、二次公募に申請できますか？
A. 一次公募で採択された事業と同じ事業区分には応募できません。ただし、異なる事業区分への応募は可能です。例えば、一次公募で「安定供給適正化・地域貢献事業」に採択された事業者が、二次公募で「災害時業務継続支援事業」や「医薬品供給体制高度化事業」に応募することは認められています。

Q. 医薬品供給体制高度化事業において、複数事業者で連携して申請する場合の上限額はどうなりますか？
A. 複数の事業者が連携して共同で事業計画を策定・実施する場合、広域卸区分は9億円（補助上限4.5億円）、地域卸区分は3億円（補助上限1.5億円）に、連携に参加する事業者数を乗じた額が上限となります。主たる申請者が応募資格を満たす医薬品卸売販売業者であれば、連携する事業者は中小企業でも対象となります。

Q. 申請書類の提出方法と締切日時を教えてください。
A. 提出期限は令和8年10月23日（金）必着です。提出方法は郵送（各書類1式×8部）を原則とし、併せて厚生労働省の指定メールアドレス（[email protected]）宛てに電子ファイルを送信する必要があります。

実務資料（公式ダウンロード）

応募様式［96KB］（DOCX）

出典

実施主体: 厚生労働省
公募要領［1.9MB］（PDF）
掲載ページ

免責

本記事は公募情報を記事作成時点の内容で整理したものです。締切・補助率・上限額・対象経費は変更される場合があるため、応募前に必ず公募要領および公式ページで最新情報をご確認ください。対象経費に該当するか、また採択されるかどうかは実施主体・事務局の判断によります。多くの制度では交付決定前に発注・契約した経費は補助対象外となるため、発注のタイミングは公募要領でご確認ください。